Оформлял спектакли ведущих театров России и Белоруссии. Его работы были представлены на сценах Большого театра, Мариинского театра, Михайловского театра, БДТ им. Г. Товстоногова, Театра им. Евгения Вахтангова, МХТ им. А. П. Чехова, Московского драматического театра им. А. С. Пушкина, Театра Наций, Музыкального театра им. К. С. Станиславского и В.И. Немировича-Данченко, Московского академического театра им. В. Маяковского, Центрального академического театра Российской Армии, Театра Бориса Эйфмана, Музыкального театра «Карамболь», Ростовского музыкального театра, Национального академического театра оперы республики Беларусь, Государственного театра музыкальной комедии Белоруссии, Белорусского театра им. Янки Купалы, Белорусского театра им. Якуба Колоса. В 1988—1998 годах работал главным художником Белорусского государственного молодежного театра, а в 1998—2000 годах — главным художником театра «Санктъ-Петербургъ Опера».
Зиновий Марголин также активно сотрудничал с зарубежными театрами: Театр «Ан дер Вин» (Австрия), Базельский театр (Швейцария), Королевская опера в Стокгольме (Швеция), Немецкая опера в Берлине, Национальный театр Мангейма и Гессенский государственный театр Висбадена (Германия).
В числе режиссеров, с которыми работал сценограф: Юрий Любимов, Василий Бархатов, Евгений Писарев, Дмитрий Черняков.
Зиновий Марголин — лауреат многочисленных театральных и правительственных премий. Он неоднократно удостаивался наград «Золотой маски» за художественную постановку спектаклей и «Золотого софита» за лучшую сценографию, его работы получали премии Олега Табакова, Таирова, «Музыкальное сердце театра», «Чайка» и «Хрустальная Турандот». Он является обладателем серебряной и золотой медалей международной выставки сценографии «Пражская квадриеннале», приза «Золотая трига» за экспозицию «Чехов: Двадцать лет спустя» совместно с российскими сценографами, премии города Москвы в области литературы и искусства за плодотворную творческую деятельность и памятного знака «За продолжение традиций Камерного театра».